鼠疫，全名為流行性淋巴腺鼠疫，俗稱「黑死病」，是一種以老鼠、跳蚤為傳播媒介、傳播速度極快的傳染病。因患者常伴有淋巴腺膿腫或皮膚出現黑斑而得名。從西元五世紀到西元十五世紀，歐洲多次爆發大規模的鼠疫，而每次鼠疫的流行都導致一個時代的結束，實在讓歐洲人聞風喪膽。
當西元476年西羅馬帝國被強悍野蠻的日爾曼人攻潰時，東羅馬帝國（拜占庭帝國）依然存在。到了查士丁尼大帝統治時期，帝國還相當繁榮和富庶。查士丁尼一世建造了至今猶存的聖索菲亞大教堂，編撰了對以後歐洲各國法律影響深遠的《查士丁尼法典》。然而，在人世紛爭中獲得無上榮耀的查士丁尼在黑死病面前卻無能為力。
傑出的歷史學家普羅科匹厄斯（Procopius），在《征戰史》中留下了「查士丁尼鼠疫」的珍貴資料：這一場鼠疫肇始於埃及，然後傳到了巴勒斯坦，隨即傳到了歐洲。包括查士丁尼大帝在內，東羅馬五分之三的人口命喪黃泉，總數竟多達一億。人口驟減的結果，使東羅馬帝國從此一蹶不振。
十四世紀，鼠疫首先襲擊的仍然是東羅馬的首都君士坦丁堡。當時大規模的十字軍東征和日趨頻繁的商貿往來，將這場鼠疫迅速傳到了整個歐洲，其破壞性的後果遠遠超過了「查士丁尼鼠疫」。在義大利，佛羅倫斯死掉了三分之二的居民，威尼斯死掉了十萬人，占人口的四分之三。在法國，死掉了總人口四分之三，在亞威農，教堂的墓地已經無法容納如此之多的屍體，隆河被丟棄的屍體弄得擁塞不通。
在英國，幾個港口城市最先染病，當時有記載說船員帶回來可怕的「種子」。當時在位的英國女王伊麗莎白一世，因為在前一年患過天花，早已被烈性傳染病嚇得魂不附體，立刻帶著手下一干人馬逃到北部的溫莎避難，並在溫莎一帶豎起很多絞刑架，下令凡是抓到從倫敦來的人，一律格殺勿論。
中世紀的這場瘟疫，斷斷續續地延續了三百多年的時間，直到十七世紀才徹底消失。關於英國的最後一場瘟疫，歷史清楚地記載說那是在1665年，倫敦再次爆發鼠疫。不想幾個月後，倫敦市中心有家麵包房突然著火，火勢蔓延整個城市，歷經四天才被撲滅，總共燒毀了一萬三千多幢房舍。奇特的是，此後鼠疫竟然徹底從英國消失了。也正是在這一年，本來在康橋讀書的牛頓，為了躲避鼠疫搬回母親的莊園，在悠閒安靜的鄉間終於得出了萬有引力定律。
現代醫學和歷史學的研究顯示，鼠疫可能是督促歐洲人進步的主要因素。當人們遠離農村、建造城市時，他們也放棄了大自然給予他們的天然的、和諧的、安全的生態環境。正是在早期城市這一不成熟的人造環境中，黑死病找到了它爆發的契機──不良的衛生條件。
生活在農業社會中的人們，根本不需要擔心衛生問題。他們的生息勞作都與自然融為一體，人產生的各種有機垃圾作為肥料消解在泥土裡，這個系統是「自動淨化」的。而城市則不同，作為商業和工業的集中地，沒有了農業，垃圾無法自動淨化。糞便在農村是土壤天然的肥料，而在城市，則會引來疾病的污穢。城市文明在歷經了無數次傳染病的劫難後，才逐漸意識到了衛生問題的重要性，骯髒也越來越為城市人所無法忍受。從某種角度上講，黑死病正是引導人類適應城市生活的一堂課。
最早的城市起源於古希臘和羅馬。在羅馬時期，城市居民已經意識到了公共衛生的重要性。羅馬人利用奴隸勞動修建城市水道、下水道和浴場。在著名的「十二銅表法」中，還禁止市內埋葬，並指出要注意飲水衛生等。進入中世紀後，古羅馬的城市文明極度衰落，寺廟、城牆、公共浴池、高架水管，劇院等公共設施雖然隨處可見，但多數已經荒廢，空蕩蕩的矗立在城市裡。原有的市政服務停止了，沒有人過問諸如路燈和供水這類事情。供水管的石縫裡長出雜草，閒置的房子甚至被推倒，得來的建材拿去加固城牆。羅馬城的人口從一百萬降至四萬，法國的沃騰（Wooten）占地從五百英畝降到不足25英畝。市場上物資匱乏，貨幣逐漸失去了意義，自然經濟逐漸占到主導地位。
丟棄了羅馬的城市文明，中世紀延續了更為古老的農業文明傳統，人們從事耕作和飼養，靠自己的勞作獲得衣食，用自己製作的器皿釀酒，用田間採來的草藥治病。生活雖然貧苦，但是卻與大自然融為一體。鄉間疏散的居住環境，自然也不會產生大規模的鼠疫。
到了西元十一世紀，隨著1099年的第一次十字軍東征，商業迅速發展，城鎮的規模開始擴大。另外，隨著新型農業技術的出現，大量的剩餘農產品又刺激了人口的進一步增長，大批農村的剩餘勞力湧向城鎮。十二世紀出現了許多新興城鎮，如英國眾多的紐頓（Newtowm）、紐波特（Newport）、紐伯里（Newbury），法國眾多的維爾涅夫（Villeneuve）以及德國比比皆是的諾斯塔（Neustadt）。而嗡嗡作響的紡車也於十三世紀出現了。與此不相稱的卻是居民生活條件簡陋，居住在骯髒不堪的環境。人們在室內衛生、個人衛生方面的知識和意識微乎其微，人畜共居，糞便傾倒在室內，許多城市鼠多成災。情況甚至比古羅馬還要糟糕。
對此，代表城市文明的世俗社會積極適應城市生活的新情況，採取了一連串的有效措施，他們要求衛生、檢疫和隔離病人。由醫生組成的衛生局建立於1348年，也就是黑死病席捲整個歐洲的那年。最初，衛生局只是政府為了對付鼠疫成立的臨時機構，規模也比較小。但是到了1500年，在義大利多數的大城市，這些衛生局都成了永久性的機構。他們負責把病人送到隔離的醫院，清掃街道，疏通水道，編制死亡者名單。他們對疾病流行的資訊有時非常靈通，而且對病人的處理也相當嚴格。在英國，政府對凡是發現有鼠疫的人家都加以封閉隔離，還用紅色粉筆在其門上畫上十字。1374年，義大利的威尼斯首先對來往的商船實施檢疫。當時的規定是：徹底取締患者入境；對來自疫區的疑似患者，在設立的登陸處隔離三十天，後來又延長到四十天；對患者的用品採用冰凍、火燒，錢幣用醋浸泡等方法進行處理。國際上最早的衛生檢疫法也是在黑死病流行的十四世紀制訂的。
與之相反，教會則比較遲鈍，仍然採取一貫的做法──告誡人們這是上帝的懲罰，救贖的方法只能是懲戒撒旦的幫兇與集體贖罪。中世紀的歐洲人認為撒旦是確實存在的，他總是借那些易受誘惑的人之手，給人類帶來災難。相信這一觀點的基督徒認為，必須找到撒旦在人間的合作者，予以嚴懲方能制止瘟疫。在黑死病蔓延期間，猶太人得病的比率明顯低於基督徒，真正的原因其實是猶太人的「潔淨」觀念──人需要在上帝面前保持道德的潔淨和身體的潔淨。但是被黑死病搞得極度惶恐的基督徒，卻認為是猶太人和魔鬼合謀製造出了這場導致千百萬基督徒死亡的災難。一場場反猶太人暴動的結果是，沒有死於黑死病的猶太人，卻死在了異族鄰居的刀口下。數年間共有二百多個猶太社區被摧毀，無數猶太人被活活燒死。
宗教與世俗政府之間甚至還發生了一些衝突。在文藝復興時期，每當疾病來臨，義大利的宗教領袖就召集大規模的祈禱運動。而市政當局為了隔離，往往會在某些場合禁止宗教遊行。為此，整個佛羅倫斯衛生部門還被逐出過教會。英國都鐸王朝時代和斯圖亞特王朝時代，在瘟疫發生後，負責隔離的英國皇家警察和清教徒之間就曾發生過武力爭鬥。國王和市政府對流行病實行抑制政策：關閉城門、禁止商業活動、隔離患者和潛伏期的病人。而牧師們則譴責政府的行為是誤導，是違背上帝旨意的，是不虔敬的。
黑死病使人們充分認識到了城市衛生的重要性。在歷經十六、十七和十八世紀的多次城市大火之後，石頭房子代替了原有木屋，室內衛生和個人衛生也得到改善，家畜遠離住宅。而歐洲各國政府也積極加強了基礎衛生設施的建設，改進下水道，處理垃圾，普遍進行殺蟲和消毒，鼠疫等傳染疾病得到了有效的控制。
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